Qua nhiều cuộc trao đổi, đã chon tên gọi là Viện Công nghệ Khoan. Hồ sơ đăng ký, ngoài Dự thảo Điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện, dự kiến nhân sự, trụ sở Viện, tài chính còn phải có Quyết định của cơ quan quản lý trực tiếp. Vì Hội chưa có con dấu, Trung ương Hội đã đề nghị Tổng Hội Địa chất Việt Nam ký Quyết định thành lập vào ngày 17/7/2005. Ngày 26/7/2005, Bộ KH&CN cấp Chứng nhận đăng ký hoạt động số A-396. Ngày 04/8/2005 đăng ký mẫu dấu, và tiếp tục hoàn thiện các thủ tục pháp lý khác.

Ngày 8/8/2005 (ngày 4/7 Ât Dậu) tiến hành Lễ nhập trạch tại số nhà 10-Vĩnh Phúc, quận Ba Đình, Hà Nội. Ngày 07/9/2005- Lễ ra mắt Viện Công nghệ Khoan, được tổ chức tại 56 Nguyễn Chí Thanh. Đến dự có đông đủ đại diện Bộ KH&CN, Tổng Hội Địa chất Việt Nam, các Trường đại học, các đoàn địa chất, các doanh nghiệp chuyên ngành…

Ngày 1/3/2006, sau khi Hội CNK-KTVN được Bộ Nội vụ cho phép thành lập và có tư cách pháp nhân, Trung ương Hội đã ra quyết định quản lí trực tiếp Viện Công nghệ Khoan và được Bộ KH&CN cấp lại Chứng nhận đăng ký hoạt động số A-396 ngày 20/4/2006.

Ngày 16/01/2008 Viện Công nghệ Khoan chuyển trụ sở về địa điểm mới: 628 Hoàng Hoa Thám, quận Tây Hồ, Hà Nội.